El Centro Universitario de los Valles es un órgano desconcentrado de la Universidad de Guadalajara y se encuentra organizado por un modelo académico departamental y divisional, definiendo a los departamentos como unidad académica básica donde se organizan y ejecutan funciones sustantivas y las divisiones son entidades  académicas y administrativas que agrupan dos o más departamentos.

Por lo que la estructura organizacional del Centro Universitario de los Valles esta basada por órganos y autoridades para cubrir las funciones sustantivas que se realizan en beneficio de la comunidad universitaria y de la Región y son: el Consejo de Centro, Rector, Consejos Divisionales, Directores de División, Colegios Departamentales, Jefes de Departamento y las Academias.

Como órganos consultivos y de vinculación se encuentra la Junta Divisional, el Consejo Social y el Patronato del Centro Universitario.

La rectoría del centro universitario cuenta para el desarrollo de sus atribuciones con la Secretaría Académica y Administrativa, las cuales contarán para su funcionamiento con Coordinaciones y Unidades.
 

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